Publikace

2012

• Charge Profile Analysis Reveals That Activation of Pro-apoptotic Regulators Bax and Bak Relies on Charge Transfer Mediated Allosteric Regulation

  IONESCU Crina-Maria SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PREHN Jochen HM HUBER Heinrich J KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  PLoS Computational Biology, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 6, DOI

• MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

  BERKA Karel HANÁK Ondřej SEHNAL David BANÁŠ Pavel NAVRÁTILOVÁ Veronika JAISWAL Deepti IONESCU Crina-Maria SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: W1, DOI

• SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka HUBER Heinrich J. GEIDL Stanislav IONESCU Crina-Maria WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2012, ročník: 52, vydání: 2, DOI

2011

• Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: Comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka GEIDL Stanislav IONESCU Crina-Maria SKŘEHOTA Ondřej KUDERA Michal SEHNAL David BOUCHAL Tomáš ABAGYAN Ruben A. HUBER Heinrich J. KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2011, ročník: 51, vydání: 8

2008

• Software news and updates: Electronegativity equalization method: Parameterization and validation for organic molecules using the Merz-Kollman-Singh charge distribution scheme

  JIROUŠKOVÁ Zuzana SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka VANĚK Jakub KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Computational Chemistry, rok: 2008, ročník: 2009, vydání: 30

• Web server to identify similarity of amino acid motifs to compounds (SAAMCO)

  CASEY Fergal P. DAVEY Norman E BARAN Ivan SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SHIELDS Denis C

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2008, ročník: 48, vydání: 7

• www.rnaworkbench.com: A new program for analyzing RNA interference

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BRADÁČ Ivan PLCHÚT Martin ŠKRDLA Michal WACENOVSKY Michael MAHR Helmuth MAYER Georg TANNER Herbert BRUGGER Hermann WITHALM Josef LEDERER Peter HUBER Heinrich GIERLINGER Gerhard GRAF Ronald TAFER Hakim HOFACKER Ivo SCHUSTER Peter POLCIK Martin

  Článek v odborném periodiku

  Computer Methods and Programs in Biomedicine, rok: 2008, ročník: 90, vydání: 1

2007

• Electronegativity Equalization Method: Parameterization and Validation for Large Sets of Organic, Organohalogene and Organometal Molecule

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka JIROUŠKOVÁ Zuzana VANĚK Jakub SUCHOMEL Šimon KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  International Journal of Molecular Sciences, rok: 2007, ročník: 2007, vydání: 8

• Identification of potential small molecule peptidomimetics similar to motifs in proteins

  BARAN Ivan SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PARTHASARATHI Laavanya SUCHOMEL Šimon CASEY Fergal SHIELDS Denis C.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2007, ročník: 47, vydání: 2

• siRNA selection criteria – statistical analyses of applicability and significance

  BRADÁČ Ivan PLCHÚT Martin SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka POLČÍK Martin WACENOVSKY Michael ŠKRDLA Michal PLCHÚT Martin POLČÍK Martin

  Článek v odborném periodiku

  Biochemical and Biophysical Research Communications, rok: 2007, ročník: 359, vydání: 1