Publikace

2015

• High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications

  GEIDL Stanislav BOUCHAL Tomáš RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka HEJRET Václav KŘENEK Aleš ABAGYAN Ruben KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2015, ročník: 7, vydání: DEC, DOI

• How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pK(a) Prediction?

  GEIDL Stanislav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BENDOVÁ Veronika PETRUSEK Lukáš IONESCU Crina-Maria JURKA Zdeněk ABAGYAN Ruben A. KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2015, ročník: 55, vydání: 6, DOI

• PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank

  SEHNAL David PRAVDA Lukáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka IONESCU Crina-Maria KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: W1, DOI

• ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PRAVDA Lukáš IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav HORSKÝ Vladimír JAISWAL Deepti WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: D1, DOI

2014

• Anatomy of Enzyme Channels

  PRAVDA Lukáš BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SEHNAL David BANÁŠ Pavel ROMAN A Laskowski KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2014, ročník: 15, vydání: november, DOI

• MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka JAISWAL Deepti SEHNAL David IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav PRAVDA Lukáš HORSKÝ Vladimír WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2014, ročník: 42, vydání: W1, DOI

2013

• MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BERKA Karel PRAVDA Lukáš NAVRÁTILOVÁ Veronika BANÁŠ Pavel IONESCU Crina-Maria OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2013, ročník: 5, vydání: 39, DOI

• Predicting pKa values from EEM atomic charges

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka GEIDL Stanislav IONESCU Crina-Maria SKŘEHOTA Ondřej BOUCHAL Tomáš SEHNAL David ABAGYAN Ruben A. KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2013, ročník: 5, vydání: 18, DOI

• Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method

  IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemichal Information a Modeling, rok: 2013, ročník: 53, vydání: 10, DOI

2012

• Charge Profile Analysis Reveals That Activation of Pro-apoptotic Regulators Bax and Bak Relies on Charge Transfer Mediated Allosteric Regulation

  IONESCU Crina-Maria SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PREHN Jochen HM HUBER Heinrich J KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  PLoS Computational Biology, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 6, DOI