Publikace

2015

• ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PRAVDA Lukáš IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav HORSKÝ Vladimír JAISWAL Deepti WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: D1, DOI

2014

• Anatomy of Enzyme Channels

  PRAVDA Lukáš BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SEHNAL David BANÁŠ Pavel ROMAN A Laskowski KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2014, ročník: 15, vydání: november, DOI

• MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka JAISWAL Deepti SEHNAL David IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav PRAVDA Lukáš HORSKÝ Vladimír WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2014, ročník: 42, vydání: W1, DOI

2013

• MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BERKA Karel PRAVDA Lukáš NAVRÁTILOVÁ Veronika BANÁŠ Pavel IONESCU Crina-Maria OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2013, ročník: 5, vydání: 39, DOI

• Predicting pKa values from EEM atomic charges

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka GEIDL Stanislav IONESCU Crina-Maria SKŘEHOTA Ondřej BOUCHAL Tomáš SEHNAL David ABAGYAN Ruben A. KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2013, ročník: 5, vydání: 18, DOI

• Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method

  IONESCU Crina-Maria GEIDL Stanislav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemichal Information a Modeling, rok: 2013, ročník: 53, vydání: 10, DOI

2012

• Charge Profile Analysis Reveals That Activation of Pro-apoptotic Regulators Bax and Bak Relies on Charge Transfer Mediated Allosteric Regulation

  IONESCU Crina-Maria SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PREHN Jochen HM HUBER Heinrich J KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  PLoS Computational Biology, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 6, DOI

• MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels

  BERKA Karel HANÁK Ondřej SEHNAL David BANÁŠ Pavel NAVRÁTILOVÁ Veronika JAISWAL Deepti IONESCU Crina-Maria SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: W1, DOI

• SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs

  SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka HUBER Heinrich J. GEIDL Stanislav IONESCU Crina-Maria WIMMEROVÁ Michaela KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2012, ročník: 52, vydání: 2, DOI

2011

• Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: Comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka GEIDL Stanislav IONESCU Crina-Maria SKŘEHOTA Ondřej KUDERA Michal SEHNAL David BOUCHAL Tomáš ABAGYAN Ruben A. HUBER Heinrich J. KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2011, ročník: 51, vydání: 8