Publikace

2024

• AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: July 5, DOI

• ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era

  ŠPAČKOVÁ Anna VÁVRA Ondřej RAČEK Tomáš BAZGIER Václav SEHNAL David DAMBORSKÝ Jiří SVOBODOVÁ Radka BEDNÁŘ David BERKA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: D1, DOI

• RBP-Tar – a searchable database for experimental RBP binding sites

  GREŠOVÁ Katarína RAČEK Tomáš MARTINEK Vlastimil ČECHÁK David SVOBODOVÁ Radka ALEXIOU Panagiotis

  Článek v odborném periodiku

  F1000Research, rok: 2024, DOI

2023

• Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations

  CHARESHNEU Aliaksei MIDLIK Adam IONESCU Crina-Maria ROSE Alexander HORSKÝ Vladimír CANTARA Alessio SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel SEHNAL David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI

• αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality

  SCHINDLER Ondřej BERKA Karel CANTARA Alessio KŘENEK Aleš TICHÝ Dominik RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI

2022

• OverProt: secondary structure consensus for protein families

  MIDLIK Adam HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan CHARESHNEU Aliaksei BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 14, DOI

• PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

  VARADI Mihaly ANYANGO Stephen ARMSTRONG David BERRISFORD John CHOUDHARY Preeti DESHPANDE Mandar NADZIRIN Nurul NAIR Sreenatha S. PRAVDA Lukas TANWEER Ahsan AL-LAZIKANI Bissan ANDREINI Claudia BARTON Geoffrey J. BEDNÁŘ David BERKA Karel BLUNDELL Tom BROCK Kelly P. MARIA CARAZO Jose DAMBORSKÝ Jiří DAVID Alessia DEY Sucharita DUNBRACK Roland RECIO Fernandez Juan FRATERNALI Franca GIBSON Toby HELMER-CITTERICH Manuela HOKSZA David HOPF Thomas JAKUBEC David KANNAN Natarajan KRIVAK Radoslav KUMAR Manjeet LEVY Emmanuel D. LONDON Nir MACIAS Jose Ramon SRIVATSAN Madhusudhan M. MARKS Debora S. MARTENS Lennart MCGOWAN Stuart A. MCGREIG Jake E. MODI Vivek PARRA Gonzalo R. PEPE Gerardo PIOVESAN Damiano PRILUSKY Jaime PUTIGNANO Valeria RADUSKY Leandro G. RAMASAMY Pathmanaban RAUSCH Atilio O. REUTER Nathalie RODRIGUEZ Luis A. ROLLINS Nathan J. ROSATO Antonio SERRANO Luis SINGH Gulzar SKODA Petr SORZANO Carlos Oscar S. ŠTOURAČ Jan SULKOWSKA Joanna I. SVOBODOVÁ Radka TICHSHENKO Natalia TOSATTO Silvio C. E. VRANKEN Wim WASS Mark N. XUE Dandan ZAIDMAN Daniel THORNTON Janet STERNBERG Michael ORENGO Christine VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: D1, DOI

2021

• 2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams

  HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan MIDLIK Adam HORSKÝ Vladimír HLADKÁ Eva SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 37, vydání: 23, DOI

• CATH: increased structural coverage of functional space

  SILLITOE Ian BORDIN Nicola DAWSON Natalie WAMAN Vaishali P. ASHFORD Paul SCHOLES Harry M. PANG Camilla S.M. WOODRIDGE Laurel RAUER Clemens SEN Neeladri ABBASIAN Mahnaz LE CORNU Sean LAM Su Datt BERKA Karel HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana SVOBODOVÁ Radka LEES Jon ORENGO Christine A.

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2021, ročník: 49, vydání: D1, DOI

• Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures

  SEHNAL David BITTRICH S. DESHPANDE M. SVOBODOVÁ Radka BERKA K. BAZGIER V. VELANKAR S. BURLEY S.K. KOČA Jaroslav ROSE A.S.

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2021, ročník: 49, vydání: W1, DOI