Vyvíjíme softwarové nástroje, které se zaměřují především na analýzu 3D struktury proteinů, ligandů, proteinových fragmentů a celých proteinových rodin.
Náš výzkum se zaměřuje na analýzu 3D struktury proteinů, jejich fragmentů a celých proteinových rodin.
Biomakromolekulární strukturní data z více než sedmi desetiletí intenzivního výzkumu jsou cenným a vědecky zásadním zdrojem. V databázi Protein Data Bank (PDB) s otevřeným přístupem je k dispozici více než 200 000 experimentálně určených trojrozměrných struktur biologických makromolekul. Archiv PDB se neustále rozrůstá, pokud jde o počet nových záznamů, složitost a velikost uložených struktur. Tato strukturní data umožnila vytvořit bohaté soubory dat popisující jednotlivé rodiny proteinů. Tato data nám poskytují robustní základnu pro zkoumání jednotlivých proteinů a proteinových rodin, objevování jejich základních částí a pochopení jejich strukturně-funkčních vztahů.
Náš výzkum se zaměřuje na vizualizaci, validaci, anotaci, detekci fragmentů a charakterizaci proteinů a proteinových rodin. Vyvíjíme také softwarové nástroje pro provádění těchto typů analýz.
Hlavní oblasti našeho výzkumu:
Sledujte nás na GitHubu!
Mol*
Vysoce výkonná grafika a zpracování dat v prohlížeči umožňuje Mol* současně vizualizovat až stovky (superponovaných) proteinových struktur, přehrávat trajektorie molekulární dynamiky, vykreslovat modely na úrovni buněk v atomárních detailech s desítkami milionů atomů.
Mol*VS
Mol* Volumes & Segmentations (Mol*VS) je rozšíření prohlížeče Mol*, které přidává podporu pro rozsáhlá objemová data a jejich segmentace. Toto rozšíření navazuje na stávající ekosystém Mol* a umožňuje bezproblémovou integraci biomolekulárních dat od buněčného až po atomární měřítko.
OverProt
OverProt vytváří přehled prvků sekundární struktury v rodinách proteinů. Pro každou rodinu proteinů z databáze CATH je k dispozici konsenzus sekundární struktury, který ukazuje charakteristické α-šroubovice a β-listy rodiny.
2DProts
2DProt obsahuje 2D diagramy sekundárních struktur domén v proteinových biomakromolekulách. Nabízené diagramy vizualizují relativní vzdálenost mezi jednotlivými prvky sekundární struktury a také polohu aminokyselin, které tvoří jednotlivé prvky v sekvenci domény.
ValidatorDB
Databáze výsledků validace ligandů a nestandardních residuí v Protein Data Bank.
MotiveValidator
MotiveValidator je platforma pro sadu aplikací navržených tak, aby vám pomohly určit, zda je residuum nebo ligand v biomolekule nebo biomolekulárním komplexu strukturně kompletní a správně anotovaný podle svých modelů uložených ve wwPDB Chemical Component Dictionary (wwPDB CCD).
ValTrendsDB
ValTrendsDB je databáze validačních trendů biomakromolekulárních struktur.
MOLEonline
MOLEonline je webový aplikace, která poskytuje přímý přístup k software MOLE a usnadňujě uživatelům interaktivní práci při analýze tunelů v proteinech.
ChannelsDB 2.0
ChannelsDB 2.0 je komplexní a pravidelně aktualizovaný zdroj kanálů, pórů a tunelů v biomakromolekulách uložených v databázích Protein Data Bank a AlphaFill / AlphaFold. Jedná se tak o jedinečnou službu pro analýzy související s tunely.
PatternQuery
PatternQuery je interaktivní, uživatelsky přívětivá a na platformě nezávislá webová služba, která umožňuje uživateli efektivně definovat, extrahovat a analyzovat strukturní vzory nebo biomolekulární komplexy pomocí jazyka PatternQuery.
αCharges
AlphaCharges (αCharges) je webová aplikace pro výpočet parciálních atomových nábojů pro struktury proteinů predikované algoritmem AlphaFold2 uložených v databázi AlphaFold DB.
Atomic Charge Calculator II
Atomic Charge Calculator II (ACC II) je aplikace pro rychlý výpočet parciálních atomových nábojů. Obsahuje 20 empirických metod spolu s parametry z literatury.
PDBCharges
PDBCharges je webová aplikace, která poskytuje parciální atomové náboje proteinových struktur z Protein Data Bank (PDB).
SecStrAnnotator
SecStrAnnotator je software pro anotaci (pojmenování) elementů sekundární struktury proteinů. Anotace je založena na šablonách, což znamená, že je potřeba použít strukturně podobný protein jako referenci.