Vyvíjíme softwarové nástroje, které se zaměřují především na analýzu 3D struktury proteinů, ligandů, proteinových fragmentů a celých proteinových rodin.
Náš výzkum se zaměřuje na analýzu 3D struktury proteinů, jejich fragmentů a celých proteinových rodin.
Biomakromolekulární strukturní data z více než sedmi desetiletí intenzivního výzkumu jsou cenným a vědecky zásadním zdrojem. V databázi Protein Data Bank (PDB) s otevřeným přístupem je k dispozici více než 200 000 experimentálně určených trojrozměrných struktur biologických makromolekul. Archiv PDB se neustále rozrůstá, pokud jde o počet nových záznamů, složitost a velikost uložených struktur. Tato strukturní data umožnila vytvořit bohaté soubory dat popisující jednotlivé rodiny proteinů. Tato data nám poskytují robustní základnu pro zkoumání jednotlivých proteinů a proteinových rodin, objevování jejich základních částí a pochopení jejich strukturně-funkčních vztahů.
Náš výzkum se zaměřuje na vizualizaci, validaci, anotaci, detekci fragmentů a charakterizaci proteinů a proteinových rodin. Vyvíjíme také softwarové nástroje pro provádění těchto typů analýz.
Hlavní oblasti našeho výzkumu:
Sledujte nás na GitHubu!
Mol*
Vysoce výkonná grafika a zpracování dat v prohlížeči umožňuje Mol* současně vizualizovat až stovky (superponovaných) proteinových struktur, přehrávat trajektorie molekulární dynamiky, vykreslovat modely na úrovni buněk v atomárních detailech s desítkami milionů atomů.
Mol*VS
Mol* Volumes & Segmentations (Mol*VS) je rozšíření prohlížeče Mol*, které přidává podporu pro rozsáhlá objemová data a jejich segmentace. Toto rozšíření navazuje na stávající ekosystém Mol* a umožňuje bezproblémovou integraci biomolekulárních dat od buněčného až po atomární měřítko.
OverProt
OverProt vytváří přehled prvků sekundární struktury v rodinách proteinů. Pro každou rodinu proteinů z databáze CATH je k dispozici konsenzus sekundární struktury, který ukazuje charakteristické α-šroubovice a β-listy rodiny.
2DProts
2DProt obsahuje 2D diagramy sekundárních struktur domén v proteinových biomakromolekulách. Nabízené diagramy vizualizují relativní vzdálenost mezi jednotlivými prvky sekundární struktury a také polohu aminokyselin, které tvoří jednotlivé prvky v sekvenci domény.
ValidatorDB
Databáze výsledků validace ligandů a nestandardních residuí v Protein Data Bank.
MotiveValidator
MotiveValidator je platforma pro sadu aplikací navržených tak, aby vám pomohly určit, zda je residuum nebo ligand v biomolekule nebo biomolekulárním komplexu strukturně kompletní a správně anotovaný podle svých modelů uložených ve wwPDB Chemical Component Dictionary (wwPDB CCD).
ValTrendsDB
ValTrendsDB je databáze validačních trendů biomakromolekulárních struktur.
MOLEonline
MOLEonline je webový aplikace, která poskytuje přímý přístup k software MOLE a usnadňujě uživatelům interaktivní práci při analýze tunelů v proteinech.
ChannelsDB 2.0
ChannelsDB 2.0 je komplexní a pravidelně aktualizovaný zdroj kanálů, pórů a tunelů v biomakromolekulách uložených v databázích Protein Data Bank a AlphaFill / AlphaFold. Jedná se tak o jedinečnou službu pro analýzy související s tunely.
PatternQuery
PatternQuery je interaktivní, uživatelsky přívětivá a na platformě nezávislá webová služba, která umožňuje uživateli efektivně definovat, extrahovat a analyzovat strukturní vzory nebo biomolekulární komplexy pomocí jazyka PatternQuery.
αCharges
AlphaCharges (αCharges) je webová aplikace pro výpočet parciálních atomových nábojů pro struktury proteinů predikované algoritmem AlphaFold2 uložených v databázi AlphaFold DB.
Atomic Charge Calculator II
Atomic Charge Calculator II (ACC II) je aplikace pro rychlý výpočet parciálních atomových nábojů. Obsahuje 20 empirických metod spolu s parametry z literatury.
SecStrAnnotator
SecStrAnnotator je software pro anotaci (pojmenování) elementů sekundární struktury proteinů. Anotace je založena na šablonách, což znamená, že je potřeba použít strukturně podobný protein jako referenci.