Publikace

2020

• PDBe: improved findability of macromolecular structure data in the PDB

  ARMSTRONG David R. BERRISFORD John M. CONROY Matthew J. GUTMANAS Aleksandras ANYANGO Stephen CHOUDHARY Preeti CLARK Alice R. DANA Jose M. DESHPANDE Mandar DUNLOP Roisin GANE Paul GÁBOROVÁ Romana GUPTA Deepti HASLAM Pauline KOČA Jaroslav MAK Lora MIR Saqib MUKHOPADHYAY Abhik NADZIRIN Nurul NAIR Sreenath PAYSAN-LAFOSSE Typhaine PRAVDA Lukas SEHNAL David SALIH Osman SMART Oliver TOLCHARD James VARADI Mihaly SVOBODOVÁ Radka ZAKI Hossam KLEYWEGT Gerard J. VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI

• PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations

  VARADI Mihaly BCRRISFORD John DESHPANDE Mandar NAIR Sreenath S. GUTMANAS Aleksandras ARMSTRONG David PRAVDA Lukáš AL-LAZIKANI Bissan ANYANGO Stephen BARTON Geoffrey J. BERKA Karel BLUNDELL Tom BORKAKOTI Neera DANA Jose DAS Sayoni DEY Sucharita DI MICCO Patrizio FRATERNALI Franca GIBSON Toby HELMER-CITTERICH Manuela HOKSZA David HUANG Liang-Chin JAIN Rishabh JUBB Harry KANNAS Christos KANNAN Natarajan KOČA Jaroslav KRIVAK Radoslav KUMAR Manjeet LEVY Emanuel D. MADEIRA F. MADHUSUDHAN M. S. MARTELL Henry J. MACGOWAN Stuart MCGREIG Jake E. MIR Saqib MUKHOPADHYAY Abhik PARCA Luca PAYSAN-LAFOSSE Typhaine RADUSKY Leandro RIBEIRO Antonio SERRANO Luis SILLITOE Ian SINGH Gulzar SKODA Petr SVOBODOVÁ Radka TYZACK Jonathan VALENCIA Alfonso FERNANDEZ Eloy Villasclaras VRANKEN Wim WASS Mark THORNTON Janet STERNBERG Michael ORENGO Christine VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI

2019

• Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data

  BURLEY S.K. BERMAN H.M. BHIKADIYA C. BI C.X. CHEN L. DI COSTANZO L. CHRISTIE C. DUARTE J.M. DUTTA S. FENG Z.K. GHOSH S. GOODSELL D.S. GREEN R.K. GURANOVIC V. GUZENKO D. HUDSON B.P. LIANG Y.H. LOWE R. PEISACH E. PERISKOVA I. RANDLE C. ROSE A. SEKHARAN M. SHAO CH. TAO Y.P. VALASATAVA Y. VOIGT M. WESTBROOK J. YOUNG J. ZARDECKI C. ZHURAVLEVA M. KURISU G. NAKAMURA H. KENGAKU Y. CHO H. SATO J. KIM J.Y. IKEGAWA Y. NAKAGAWA A. YAMASHITA R. KUDOU T. BEKKER G.J. SUZUKI H. IWATA T. YOKOCHI M. KOBAYASHI N. FUJIWARA T. VELANKAR S. KLEYWEGT G.J. ANYANGO S. ARMSTRONG D.R. BERRISFORD J.M. CONROY M.J. DANA J.M. DESHPANDE M. GANE P. GÁBOROVÁ Romana GUPTA D. GUTMANAS A. KOČA Jaroslav MAK L. MIR S. MUKHOPADHYAY A. NADZIRIN N. NAIR S. PATWARDHAN A. PAYSAN-LAFOSSE T. PRAVDA Lukáš SALIH O. SEHNAL David VARADI M. SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MARKLEY J.L. HOCH J.C. ROMERO P.R. BASKARAN K. MAZIUK D. ULRICH E.L. WEDELL J.R. YAO H.Y. LIVNY M. IOANNIDIS Y.E.

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2019, ročník: 47, vydání: D1, DOI

• The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences

  ISON Jon IENASESCU Hans CHMURA Piotr RYDZA Emil MÉNAGER Hervé KALAŠ Matúš SCHWÄMMLE Veit GRÜNING Björn BEARD Niall LOPEZ Rodrigo DUVAUD Severine STOCKINGER Heinz PERSSON Bengt SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka RAČEK Tomáš VONDRÁŠEK Jiří PETERSON Hedi SALUMETS Ahto JONASSEN Inge HOOFT Rob NYRÖNEN Tommi VALENCIA Alfonso CAPELLA Salvador GELPÍ Josep ZAMBELLI Federico SAVAKIS Babis LESKOŠEK Brane RAPACKI Kristoffer BLANCHET Christophe JIMENEZ Rafael OLIVEIRA Arlindo VRIEND Gert COLLIN Olivier HELDEN Jacques van LONGREEN Peter BRUNAK Soren

  Článek v odborném periodiku

  GENOME BIOLOGY, rok: 2019, ročník: 20, vydání: 164, DOI

• ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user

  HORSKÝ Vladimír BENDOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2019, ročník: 35, vydání: 24, DOI

2018

• ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka NAVRÁTILOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: D1, DOI

• Molecular evolution and diversification of the SMXL gene family

  MOTURU Tarakaramji THULA Sravankumar SINGH R.K. NODZYNSKI Tomasz SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka FRIML J. SIMON Sibu

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Experimental Botany, rok: 2018, ročník: 69, vydání: 9, DOI

• MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David TOUŠEK Dominik NAVRÁTILOVÁ Veronika BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

• PDBsum: Structural summaries of PDB entries

  LASKOWSKI R.A. JABŁOŃSKA Jagoda PRAVDA Lukáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka THORNTON Janet M

  Článek v odborném periodiku

  Protein Science, rok: 2018, ročník: 27, vydání: 1, DOI

• SugarSketcher: Quick and Intuitive Online Glycan Drawing

  ALOCCI Davide SUCHÁNKOVÁ Pavla COSTA Renaud HORY Nicolas MARIETHOZ Julien SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka TOUKACH Philip LISACEK Frederique

  Článek v odborném periodiku

  Molecules, rok: 2018, ročník: 23, vydání: 12, DOI