Publikace

2019

• ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user

  HORSKÝ Vladimír BENDOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2019, ročník: 35, vydání: 24, DOI

2018

• ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka NAVRÁTILOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: D1, DOI

• Molecular evolution and diversification of the SMXL gene family

  MOTURU Tarakaramji THULA Sravankumar SINGH R.K. NODZYNSKI Tomasz SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka FRIML J. SIMON Sibu

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Experimental Botany, rok: 2018, ročník: 69, vydání: 9, DOI

• MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David TOUŠEK Dominik NAVRÁTILOVÁ Veronika BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

• PDBsum: Structural summaries of PDB entries

  LASKOWSKI R.A. JABŁOŃSKA Jagoda PRAVDA Lukáš SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka THORNTON Janet M

  Článek v odborném periodiku

  Protein Science, rok: 2018, ročník: 27, vydání: 1, DOI

• SugarSketcher: Quick and Intuitive Online Glycan Drawing

  ALOCCI Davide SUCHÁNKOVÁ Pavla COSTA Renaud HORY Nicolas MARIETHOZ Julien SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka TOUKACH Philip LISACEK Frederique

  Článek v odborném periodiku

  Molecules, rok: 2018, ročník: 23, vydání: 12, DOI

• Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

  SMART Oliver S. HORSKÝ Vladimír GORE Swanand SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BENDOVÁ Veronika KLEYWEGT Gerard J. VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Acta Crystallographica Section D, rok: 2018, ročník: 74, vydání: 3, DOI

• Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends

  SMART Oliver S. HORSKÝ Vladimír GORE Swanand SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BENDOVÁ Veronika KLEYWEGT Gerard J. VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Acta Crystallographica Section D, rok: 2018, ročník: 74, vydání: MAR, DOI

2017

• Four simple recommendations to encourage best practices in research software

  JIMÉNEZ Rafael C KUZAK Mateusz ALHAMDOOSH Monther BARKER Michelle BATUT Bérénice BORG Mikael CAPELLA-GUTIERREZ Salvador HONG Neil Chue COOK Martin CORPAS Manuel FLANNERY Madison GARCIA Leyla GELPÍ Josep Ll GLADMAN Simon GOBLE Carole FERREIRO Montserrat González GONZALEZ-BELTRAN Alejandra GRIFFIN Philippa C GRÜNING Björn HAGBERG Jonas HOLUB Petr HOOFT Rob ISON Jon KATZ Daniel S LESKOŠEK Brane GÓMEZ Federico López OLIVEIRA Luis J MELLOR David MOSBERGEN Rowland MULDER Nicola PEREZ-RIVEROL Yasset PERGL Robert PICHLER Horst POPE Bernard SANZ Ferran SCHNEIDER Maria V STODDEN Victoria SUCHECKI Radosław SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka TALVIK Harry-Anton TODOROV Ilian TRELOAR Andrew TYAGI Sonika GOMPEL Maarten van VAUGHAN Daniel VIA Allegra WANG Xiaochuan WATSON-HAIGH Nathan S STEVE Crouch

  Článek v odborném periodiku

  F1000Research, rok: 2017, ročník: 6, vydání: JUN, DOI

• LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

  SEHNAL David DESHPANDE Mandar SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MIR Saqib BERKA Karel MIDLIK Adam PRAVDA Lukáš VELANKAR Sameer KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nature Methods, rok: 2017, ročník: 14, vydání: 12, DOI