Publikace
Níže uvedený seznam vypisuje všechny publikace vedoucí skupiny Radky Svobodové.
Počet publikací: 57
2021
-
Optimized SQE atomic charges for peptides accessible via a web application
SCHINDLER Ondřej RAČEK Tomáš MARŠAVELSKI Aleksandra KOČA Jaroslav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka
Článek v odborném periodiku
Journal of Cheminformatics, rok: 2021, ročník: 13, vydání: 1, DOI
-
Uncovering of cytochrome P450 anatomy by SecStrAnnotator
MIDLIK Adam NAVRÁTILOVÁ Veronika MOTURU Tarakaramji KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ Radka BERKA K.
Článek v odborném periodiku
Nature Scientific Reports, rok: 2021, ročník: 11, vydání: 1, DOI
2020
-
Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges
RAČEK Tomáš SCHINDLER Ondřej TOUŠEK Dominik HORSKÝ Vladimír BERKA Karel KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ Radka
Článek v odborném periodiku
Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: W1, DOI
-
BinaryCIF and CIFTools-Lightweight, efficient and extensible macromolecular data management
SEHNAL David BITTRICH Sebastian VELANKAR Sameer KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ Radka BURLEY Stephen K. ROSE Alexander S.
Článek v odborném periodiku
PLoS Computational Biology, rok: 2020, ročník: 16, vydání: 10, DOI
-
High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web
SEHNAL David SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel ROSE Alexander S. BURLEY Stephen K. VELANKAR Sameer KOČA Jaroslav
Článek v odborném periodiku
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, rok: 2020, ročník: 76, vydání: December 2020, DOI
-
Molecular Evolution and Diversification of Proteins Involved in miRNA Maturation Pathway
MOTURU Tarakaramji SINHA Sansrity SALAVA Hymavathi THULA Sravankumar NODZYNSKI Tomasz SVOBODOVÁ Radka FRIML Jiří SIMON Sibu
Článek v odborném periodiku
Plants, rok: 2020, ročník: 9, vydání: 3, DOI
-
PDBe: improved findability of macromolecular structure data in the PDB
ARMSTRONG David R. BERRISFORD John M. CONROY Matthew J. GUTMANAS Aleksandras ANYANGO Stephen CHOUDHARY Preeti CLARK Alice R. DANA Jose M. DESHPANDE Mandar DUNLOP Roisin GANE Paul GÁBOROVÁ Romana GUPTA Deepti HASLAM Pauline KOČA Jaroslav MAK Lora MIR Saqib MUKHOPADHYAY Abhik NADZIRIN Nurul NAIR Sreenath PAYSAN-LAFOSSE Typhaine PRAVDA Lukas SEHNAL David SALIH Osman SMART Oliver TOLCHARD James VARADI Mihaly SVOBODOVÁ Radka ZAKI Hossam KLEYWEGT Gerard J. VELANKAR Sameer
Článek v odborném periodiku
Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI
-
PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations
VARADI Mihaly BCRRISFORD John DESHPANDE Mandar NAIR Sreenath S. GUTMANAS Aleksandras ARMSTRONG David PRAVDA Lukáš AL-LAZIKANI Bissan ANYANGO Stephen BARTON Geoffrey J. BERKA Karel BLUNDELL Tom BORKAKOTI Neera DANA Jose DAS Sayoni DEY Sucharita DI MICCO Patrizio FRATERNALI Franca GIBSON Toby HELMER-CITTERICH Manuela HOKSZA David HUANG Liang-Chin JAIN Rishabh JUBB Harry KANNAS Christos KANNAN Natarajan KOČA Jaroslav KRIVAK Radoslav KUMAR Manjeet LEVY Emanuel D. MADEIRA F. MADHUSUDHAN M. S. MARTELL Henry J. MACGOWAN Stuart MCGREIG Jake E. MIR Saqib MUKHOPADHYAY Abhik PARCA Luca PAYSAN-LAFOSSE Typhaine RADUSKY Leandro RIBEIRO Antonio SERRANO Luis SILLITOE Ian SINGH Gulzar SKODA Petr SVOBODOVÁ Radka TYZACK Jonathan VALENCIA Alfonso FERNANDEZ Eloy Villasclaras VRANKEN Wim WASS Mark THORNTON Janet STERNBERG Michael ORENGO Christine VELANKAR Sameer
Článek v odborném periodiku
Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI
2019
-
Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data
BURLEY S.K. BERMAN H.M. BHIKADIYA C. BI C.X. CHEN L. DI COSTANZO L. CHRISTIE C. DUARTE J.M. DUTTA S. FENG Z.K. GHOSH S. GOODSELL D.S. GREEN R.K. GURANOVIC V. GUZENKO D. HUDSON B.P. LIANG Y.H. LOWE R. PEISACH E. PERISKOVA I. RANDLE C. ROSE A. SEKHARAN M. SHAO CH. TAO Y.P. VALASATAVA Y. VOIGT M. WESTBROOK J. YOUNG J. ZARDECKI C. ZHURAVLEVA M. KURISU G. NAKAMURA H. KENGAKU Y. CHO H. SATO J. KIM J.Y. IKEGAWA Y. NAKAGAWA A. YAMASHITA R. KUDOU T. BEKKER G.J. SUZUKI H. IWATA T. YOKOCHI M. KOBAYASHI N. FUJIWARA T. VELANKAR S. KLEYWEGT G.J. ANYANGO S. ARMSTRONG D.R. BERRISFORD J.M. CONROY M.J. DANA J.M. DESHPANDE M. GANE P. GÁBOROVÁ Romana GUPTA D. GUTMANAS A. KOČA Jaroslav MAK L. MIR S. MUKHOPADHYAY A. NADZIRIN N. NAIR S. PATWARDHAN A. PAYSAN-LAFOSSE T. PRAVDA Lukáš SALIH O. SEHNAL David VARADI M. SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MARKLEY J.L. HOCH J.C. ROMERO P.R. BASKARAN K. MAZIUK D. ULRICH E.L. WEDELL J.R. YAO H.Y. LIVNY M. IOANNIDIS Y.E.
Článek v odborném periodiku
Nucleic Acids Research, rok: 2019, ročník: 47, vydání: D1, DOI
-
The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
ISON Jon IENASESCU Hans CHMURA Piotr RYDZA Emil MÉNAGER Hervé KALAŠ Matúš SCHWÄMMLE Veit GRÜNING Björn BEARD Niall LOPEZ Rodrigo DUVAUD Severine STOCKINGER Heinz PERSSON Bengt SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka RAČEK Tomáš VONDRÁŠEK Jiří PETERSON Hedi SALUMETS Ahto JONASSEN Inge HOOFT Rob NYRÖNEN Tommi VALENCIA Alfonso CAPELLA Salvador GELPÍ Josep ZAMBELLI Federico SAVAKIS Babis LESKOŠEK Brane RAPACKI Kristoffer BLANCHET Christophe JIMENEZ Rafael OLIVEIRA Arlindo VRIEND Gert COLLIN Olivier HELDEN Jacques van LONGREEN Peter BRUNAK Soren
Článek v odborném periodiku
GENOME BIOLOGY, rok: 2019, ročník: 20, vydání: 164, DOI