Úspěšně obhájená disertační práce

Dne 24. ledna naše kolegyně Ivana Hutařová Vařeková úspěšně obhájila disertační práci na Fakultě informatiky Masarykovy univerzity. Tématem její práce je „The visualization of secondary structure elements of proteins in 2D“.

Těžiště práce spočívá v proteinových doménách a jejich seskupování do proteinových rodin s podobnou strukturou a biologickými funkcemi. Dosavadní stav byl takový, že žádný software neuměl vizualizovat prvky sekundární struktury v rámci proteinových rodin a zohlednit 3D strukturu domény. Ivana se rozhodla tento nedostatek odstranit. Nejprve spoluvytvořila jednotnou nomenklaturu ekvivalentních strukturních prvků vyskytujících se v různých doménách. Výsledky této práce jsou k dispozici v softwarových nástrojích SecStrAnnotator a OverProt. Poté Ivana vyvinula algoritmus pro automatické generování 2D diagramů jednotlivých domén a celých rodin, který zohledňuje 3D strukturu každé zúčastněné domény a dokáže vytvářet. Předpočítané výsledky pro celou PDB jsou k dispozici v naší databázi 2DProts, zatímco inovativní software pro generování diagramů je integrován do široce zavedené databáze CATH.

Gratulujeme, Ivano!