PDBCharges byl publikován v článku

30. 5. 2025

Bez popisku

Protein Data Bank (PDB) je největší databáze experimentálně určených proteinových struktur, která obsahuje více než 230 000 proteinů. Chemická reaktivita proteinů je založena na rozložení elektronové hustoty, které se obvykle aproximuje pomocí parciálních atomových nábojů. Vzhledem k velikosti a vysoké variabilitě však dosud neexistoval univerzální a přesný nástroj určující parciální atomové náboje těchto struktur. Z tohoto důvodu představujeme webovou aplikaci PDBCharges, nástroj poskytující parciální atomové náboje pro proteinové struktury z PDB.

Náboje jsou vypočteny semiempirickou kvantově mechanickou metodou GFN1-xTB, která reprodukuje náboje PBE0/TZVP/CM5. Před výpočtem nábojů jsou do struktury přidány vodíky pomocí programů HydrideMoleculeKit při pH 7,2. Polohy přidaných vodíků jsou rovněž optimalizovány pomocí silového pole GFN-FF.

PDBCharges byl nedávno publikován v čísle webového serveru časopisu Nucleic Acids Research. Jeho článek nese název PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures.

PDBCharges je dostupný na https://pdbcharges.biodata.ceitec.cz/.

3D model molekuly proteinu s modrými a červenými prvky na bílém pozadí.

Více článků

Přehled všech článků

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info