Protein Data Bank (PDB) je největší databáze experimentálně určených proteinových struktur, která obsahuje více než 230 000 proteinů. Chemická reaktivita proteinů je založena na rozložení elektronové hustoty, které se obvykle aproximuje pomocí parciálních atomových nábojů. Vzhledem k velikosti a vysoké variabilitě však dosud neexistoval univerzální a přesný nástroj určující parciální atomové náboje těchto struktur. Z tohoto důvodu představujeme webovou aplikaci PDBCharges, nástroj poskytující parciální atomové náboje pro proteinové struktury z PDB.
Náboje jsou vypočteny semiempirickou kvantově mechanickou metodou GFN1-xTB, která reprodukuje náboje PBE0/TZVP/CM5. Před výpočtem nábojů jsou do struktury přidány vodíky pomocí programů Hydride a MoleculeKit při pH 7,2. Polohy přidaných vodíků jsou rovněž optimalizovány pomocí silového pole GFN-FF.
PDBCharges byl nedávno publikován v čísle webového serveru časopisu Nucleic Acids Research. Jeho článek nese název PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures.
PDBCharges je dostupný na https://pdbcharges.biodata.ceitec.cz/.
V posledních čtrnácti dnech, na konci jarního semestru roku 2025, jedenáct našich kolegů úspěšně obhájilo své závěrečné práce. Práce byly obhájeny jak na Přírodovědecké fakulte, tak na Fakultě informatiky.
Přečtěte si rozhovor s Radkou Svobodovou, vedoucí výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika, o jednom ze zaměření nového magisterského programu Bioinformatika.
