Ondřej Schindler, člen skupiny Strukturní bioinformatika, povede workshop zaměřený na úvod do optimalizace struktur molekul, kde se seznámíte s klíčovými pojmy a teoriemi, včetně silových polí, kvantové chemie a molekulové dynamiky. V praktickém cvičení se naučíte používat software xtb pro optimalizaci molekulárních struktur a interpretaci výsledků, přičemž si budete moci připravit vlastní struktury k optimalizaci.
Workshop je úvodem do problematiky optimalizací struktur molekul. Během první přednášky probereme základní pojmy týkající se obecné optimalizace. V rámci druhé přednášky získané znalosti o optimalizacích aplikujeme na optimalizace struktur molekul a zmíníme dostupné úrovně teorie, kterými lze molekulu popsat (silová pole, metody kvantové chemie, molekulová dynamika). Následně představíme softwarový balík xtb, určený pro optimalizaci struktur molekul. V rámci praktického cvičení se tento software naučíme spustit a interpretovat výsledky. Posluchači si také mohou připravit vlastní struktury, které by chtěli v rámci cvičení optimalizovat.
V posledních čtrnácti dnech, na konci jarního semestru roku 2025, jedenáct našich kolegů úspěšně obhájilo své závěrečné práce. Práce byly obhájeny jak na Přírodovědecké fakulte, tak na Fakultě informatiky.
V časopise Nucleic Acids Research byl publikován nástroj PDBCharges, který poskytuje parciální atomové náboje pro proteinové struktury z Protein Data Bank.
