Náš příspěvek na BioExcel o správě dat molekulární dynamiky

Náš kolega Adrian Rošinec se nedávno zúčastnil konference BioExcel, kde prezentoval poster o výzvách a možnostech v oblasti správy dat molekulárních dynamik (MD). Ve své prezentaci zdůraznil limity metadat při identifikaci a porovnávání komplexních MD trajektorií a zdůraznil potřebu pokročilých metod podobnostního vyhledávání.

Na posteru ukázal, jak může pomocí embeddingu transformovat MD trajektorie do kompaktních vektorů, díky čemuž lze nad daty vyhledávat, a odhalovat tak funkční podobnosti a dynamické chování nad rámec metadat. Adrianova práce, inspirovaná nástroji, jako je AlphaFind [1,2], má za cíl zlepšit schopnost MD komunity efektivně analyzovat a interpretovat rozsáhlá simulační data.

[1] https://academic.oup.com/nar/article/52/W1/W182/7673488

[2] https://alphafind.fi.muni.cz/