PDBCharges byl publikován v článku
V časopise Nucleic Acids Research byl publikován nástroj PDBCharges, který poskytuje parciální atomové náboje pro proteinové struktury z Protein Data Bank.
Náš příspěvek na BioExcel o správě dat molekulární dynamiky
Náš kolega Adrian Rošinec se nedávno zúčastnil konference BioExcel, kde prezentoval poster o výzvách a možnostech v oblasti správy dat molekulárních dynamik (MD). Ve své prezentaci zdůraznil limity metadat při identifikaci a porovnávání komplexních MD trajektorií a zdůraznil potřebu pokročilých metod podobnostního vyhledávání.
Na posteru ukázal, jak může pomocí embeddingu transformovat MD trajektorie do kompaktních vektorů, díky čemuž lze nad daty vyhledávat, a odhalovat tak funkční podobnosti a dynamické chování nad rámec metadat. Adrianova práce, inspirovaná nástroji, jako je AlphaFind [1,2], má za cíl zlepšit schopnost MD komunity efektivně analyzovat a interpretovat rozsáhlá simulační data.
