PDBCharges byl publikován v článku
V časopise Nucleic Acids Research byl publikován nástroj PDBCharges, který poskytuje parciální atomové náboje pro proteinové struktury z Protein Data Bank.
Byl publikován preprint o validaci konformací cyklů
Struktury proteinů jsou pro výzkum velmi cenné. Klíčovým bodem pro jejich použitelnost je jejich kvalita. Důležitým aspektem kvality struktury je validace ligandů. Validace konformace cyklů dosud nebyla komplexně provedena, přestože cykly silně ovlivňují strukturu a tvar ligandu. Proto se nejstabilnější konformace vyskytují v přírodě často a měly by se nacházet ve strukturách z Protein Data Bank (PDB).
Kolegové Gabriela, Viktoriia, Aliaksei, Jana, Michal, Tomáš, Vladimír a Radka zkoumali, jaké konformace cyklů se vyskytují ve strukturách PDB. Analýza se zaměřila na konformace všech cyklopentanových, cyklohexanových a benzenových cyklů. Zjistili, že většina cyklů (98,32 %) má energeticky příznivé konformace. Existence většiny energeticky nepříznivých konformací cyklů (1,68 %) není podložena experimentálními údaji.
Preprint článku Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? je k dispozici v bioRχiv.
