Struktury proteinů jsou pro výzkum velmi cenné. Klíčovým bodem pro jejich použitelnost je jejich kvalita. Důležitým aspektem kvality struktury je validace ligandů. Validace konformace cyklů dosud nebyla komplexně provedena, přestože cykly silně ovlivňují strukturu a tvar ligandu. Proto se nejstabilnější konformace vyskytují v přírodě často a měly by se nacházet ve strukturách z Protein Data Bank (PDB).
Kolegové Gabriela, Viktoriia, Aliaksei, Jana, Michal, Tomáš, Vladimír a Radka zkoumali, jaké konformace cyklů se vyskytují ve strukturách PDB. Analýza se zaměřila na konformace všech cyklopentanových, cyklohexanových a benzenových cyklů. Zjistili, že většina cyklů (98,32 %) má energeticky příznivé konformace. Existence většiny energeticky nepříznivých konformací cyklů (1,68 %) není podložena experimentálními údaji.
Preprint článku Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? je k dispozici v bioRχiv.
Ondřej Schindler ze skupiny Strukturní bioinformatika povede workshop zaměřený na úvod do optimalizace struktur molekul, kde se seznámíte s klíčovými pojmy a teoriemi, včetně silových polí, kvantové chemie a molekulové dynamiky.
Radka Svobodová, vedoucí skupiny Strukturní bioinformatika, pořádala ve dnech 12. až 14. února workshop s názvem Softwarové nástroje pro strukturní bioinformatiku.
