Práce se nejprve zaměřuje na existující empirické metody pro výpočet parciálních atomových nábojů a jejich implementaci ve webovém serveru Atomic Charge Calculator II, přičemž některé metody jsou zde implementovány vůbec poprvé. V další části práce je představena empirická metoda SQE+qp pro výpočet parciálních atomových nábojů se špičkovými kvalitativními výsledky pro proteiny. Tato výhoda metody SQE+qp je využita ve webovém serveru αCharges představeném v závěrečné části práce. αCharges poskytuje možnost automaticky protonovat libovolný protein v databázi AlphaFold DB a vypočítat parciální atomové náboje proteinu, které jsou pak užitečné pro další výzkum.
Gratulujeme, Ondřeji!
Náš kolega Adrián Rošinec se nedávno zúčastnil konference CS3 2026 – Cloud Storage Synchronization and Sharing s prezentací na téma Distributed data sharing infrastructure for scientific institute based on Onedata.
Náš kolega Adrian Rošinec se nedávno zúčastnil akce Sip of Science s prezentací na téma The Dark Matter of Molecular Dynamics Data – Turning Chaos Into Knowledge.
