Gromacs MetaDump byl publikován v Journal of Cheminformatics
V časopise Journal of Cheminformatics byl publikován nástroj Gromacs MetaDump, který automaticky anotuje výstupní soubory z MD simulací GROMACS.
Úspěšně obhájená disertační práce
Práce se nejprve zaměřuje na existující empirické metody pro výpočet parciálních atomových nábojů a jejich implementaci ve webovém serveru Atomic Charge Calculator II, přičemž některé metody jsou zde implementovány vůbec poprvé. V další části práce je představena empirická metoda SQE+qp pro výpočet parciálních atomových nábojů se špičkovými kvalitativními výsledky pro proteiny. Tato výhoda metody SQE+qp je využita ve webovém serveru αCharges představeném v závěrečné části práce. αCharges poskytuje možnost automaticky protonovat libovolný protein v databázi AlphaFold DB a vypočítat parciální atomové náboje proteinu, které jsou pak užitečné pro další výzkum.
Gratulujeme, Ondřeji!
