Práce se nejprve zaměřuje na existující empirické metody pro výpočet parciálních atomových nábojů a jejich implementaci ve webovém serveru Atomic Charge Calculator II, přičemž některé metody jsou zde implementovány vůbec poprvé. V další části práce je představena empirická metoda SQE+qp pro výpočet parciálních atomových nábojů se špičkovými kvalitativními výsledky pro proteiny. Tato výhoda metody SQE+qp je využita ve webovém serveru αCharges představeném v závěrečné části práce. αCharges poskytuje možnost automaticky protonovat libovolný protein v databázi AlphaFold DB a vypočítat parciální atomové náboje proteinu, které jsou pak užitečné pro další výzkum.
Gratulujeme, Ondřeji!
Ondřej Schindler ze skupiny Strukturní bioinformatika povede workshop zaměřený na úvod do optimalizace struktur molekul, kde se seznámíte s klíčovými pojmy a teoriemi, včetně silových polí, kvantové chemie a molekulové dynamiky.
Radka Svobodová, vedoucí skupiny Strukturní bioinformatika, pořádala ve dnech 12. až 14. února workshop s názvem Softwarové nástroje pro strukturní bioinformatiku.
