MOLEonline byl publikován v Bioinformatics
V časopise Bioinformatics byl publikován nástroj MOLEonline, který detekuje a analyzuje tunely a póry v proteinových strukturách.
Gromacs MetaDump byl v Journal of Cheminformatics
Objem dat ze simulací molekulární dynamiky sdílených prostřednictvím veřejných úložišť rychle roste; fragmentace napříč několika nezávislými úložišti, z nichž každé používá odlišné popisy datových sad a metadatová schémata, však brání efektivnímu opětovnému využití těchto dat.
V rámci výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika byl proto vyvinut GROMACS MetaDump, nástroj pro automatické anotování výstupních souborů ze simulací GROMACS MD, který vytváří strojově čitelná metadata ze simulací pomocí rozšíření standardního nástroje GROMACS (gmx dump). GROMACS MetaDump využívá zejména vstupní simulační soubor (.tpr) a volitelně jej rozšiřuje o anotace z topologických a strukturálních souborů (.top, .gro).
GROMACS MetaDump byl nedávno publikován v časopise Journal of Cheminformatics v článku Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata.
Gromacs MetaDump je k dispozici na adrese https://gmd.ceitec.cz/.
