Rozhovor s Radkou Svobodovou o zaměření Strukturní bioinformatika a drug design
Přečtěte si rozhovor s Radkou Svobodovou, vedoucí výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika, o jednom ze zaměření nového magisterského programu Bioinformatika.
Předpovídání struktury proteinů ze sekvence je dlouhodobý problém. Algoritmus strojového učení AlphaFold nedávno poskytl struktury pro více než 200 milionů proteinů, které by jinak byly k dispozici pouze jako sekvence. Všechny předpovězené struktury jsou uloženy v databázi AlphaFold DB.
Jak ale v tak rozsáhlé databázi efektivně vyhledat relevantní strukturu (nebo soubor relevantních struktur)? Jedním ze způsobů je dotazovat se databáze pomocí vstupní struktury a algoritmu pro vyhledávání podobnosti. Tento přístup je implementován ve webovém vyhledávači AlphaFind, který využívá model strojového učení k vyhledávání proteinů s terciární strukturou podobnou té, kterou uživatel zadá jako vyhledávací dotaz.
AlphaFind byl nedávno publikován v čísle webového serveru časopisu Nucleic Acids Research. Jeho článek nese název AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Softwarový nástroj i článek jsou výsledkem naší spolupráce s Fakultou informatiky a Ústavem výpočetní techniky Masarykovy univerzity.
Přečtěte si rozhovor s Radkou Svobodovou, vedoucí výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika, o jednom ze zaměření nového magisterského programu Bioinformatika.
Dne 7. listopadu 2024 byl Ondřej Schindler, člen výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika, oceněn prestižní cenou prorektorky pro excelentní výsledky v doktorském studiu.