Výzkumná skupina Strukturní bioinformatika

Zaměření výzkumu a ambice

Vítejte na stránkách výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika. Naše výzkumná skupina spadá pod Národní centrum pro výzkum biomolekul Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity.

V našem výzkumu se zaměřujeme na analýzu proteinových struktur, proteinových fragmentů a celých proteinových rodin. Konkrétně vizualizujeme, validujeme a anotujeme proteinové struktury, detekujeme kanály a fragmenty v proteinech a počítáme vlastnosti proteinů. Souběžně vyvíjíme také softwarové nástroje pro provádění těchto analýz. Náš software je integrován do klíčových strukturních bioinformatických databází, jako jsou Protein Data Bank a CATH.

Hledáme nové členy, stážisty, studenty i postdocy. Výzkum v oblasti strukturní bioinformatiky je v dnešní době klíčový pro rozvoj vědních disciplín, jako jsou vývoj léčiv či moderní diagnostika. Staňte se součástí naší výzkumné skupiny a podílejte se na výzvách, které tento výzkum přináší.

Připojte se k naší výzkumné skupině

Aktuality

TIP

1. 6.

Radka Svobodová byla jmenována profesorkou

Vedoucí výzkumné skupiny Strukturní bioinformatika, Radka Svobodová, převzala 1. června 2026 jmenovací dekret profesorky.

18. 5.

Atomic Charge Calculator III byl publikován v Nucleic Acids Research

V časopise Nucleic Acids Research byl publikován nástroj Atomic Charge Calculator III, který slouží k výpočtu parciálních atomové náboje pro různé molekulární systémy, včetně malých organických molekul a proteinů.

18. 5.

Byl publikován článek o analýze cyklů v ligandech

V časopise Journal of Cheminformatics byl publikován článek o analýze cyklohexanu, cyklopentanu a benzenu v ligandech pro rentgenové struktury z databáze PDB s využitím Hill-Reillyho přístupu.

VŠECHNY AKTUALITY

Náš software

Mol*

Vysoce výkonná grafika a zpracování dat v prohlížeči umožňuje Mol* současně vizualizovat až stovky (superponovaných) proteinových struktur, přehrávat trajektorie molekulární dynamiky, vykreslovat modely na úrovni buněk v atomárních detailech s desítkami milionů atomů.

Atomic Charge Calculator III

Atomic Charge Calculator III (ACC III) je aplikace pro rychlý výpočet parciálních atomových nábojů. Obsahuje 20 empirických metod spolu s parametry z literatury.

ChannelsDB 2.0

ChannelsDB 2.0 je komplexní a pravidelně aktualizovaný zdroj kanálů, pórů a tunelů v biomakromolekulách uložených v databázích Protein Data Bank a AlphaFill / AlphaFold. Jedná se tak o jedinečnou službu pro analýzy související s tunely.

Úspěchy

>0

publikací od roku 2021

0

absolventů

Zajímá tě náš výzkum? Přidej se k nám!

Jsi student a chceš získat praktické zkušenosti? Neváhej a přidej se k nám! Podívej se na dostupná témata závěrečných prací nebo nás kontaktuj na radka.svobodova@mail.muni.cz nebo tomas.racek@muni.cz.