Důležitou součást proteinových struktur tvoří jejich ligandy. Konformace cyklů v ligandech je zásadní pro výsledný tvar a scaffold molekuly, a tím i pro její interakce s okolím a následnou biologickou funkci. Za tímto účelem vyvinula výzkumná skupina Strukturní bioinformatiky workflow pro detekci konformací cyklohexanových, cyklopentanových a benzenových cyklů. Workflow dokáže zpracovávat cykly pocházející z ligandů, které jsou součástí experimentálně určených proteinových struktur uložených v databázi Protein Data Bank a získaných metodou rentgenové krystalografie. Toto plně automatizovaný workflow využívá Hillův–Reillyho přístup k výpočtu puckeringových úhlů, které kvantitativně popisují konformaci cyklu. Reprodukovatelnost workflow je zajištěna ukládáním datových sad v systému Onedata, což umožňuje jejich automatické načítání i opakované spouštění workflow.
Článek s názvem Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach byl nedávno publikován v časopise Journal of Cheminformatics.
V časopise Nucleic Acids Research byl publikován nástroj Atomic Charge Calculator III, který slouží k výpočtu parciálních atomové náboje pro různé molekulární systémy, včetně malých organických molekul a proteinů.
Náš kolega Adrián Rošinec se nedávno zúčastnil konference CS3 2026 – Cloud Storage Synchronization and Sharing s prezentací na téma Distributed data sharing infrastructure for scientific institute based on Onedata.
